mysql> SELECT * FROM table INTO OUTFILE "/tmp/output.csv" FIELDS TERMINATED BY ',';
mysql CUI からファイルを出力する時に、/tmp/output.csv を作成するユーザは mysqld_safe プロセスを動かしているユーザとなるので、大体の環境だと mysql ユーザになると思います。そしてパッケージ管理システムなりで入れると、大体ログインシェルやホームディレクトリがないので、どこにも出力できなくない？みたいなオチになります。
という訳で /tmp/ を指定してあります。
